কথিত আছে যে, ১৫০০ সালের শেষ দিকে এখানে ভূইয়ারা বাস করতেন। এখানে বাংলার বারো ভূইয়াদের সর্দার ঈশা খাঁর ছিল একটি শক্তিশালী ঘাঁটি। এই লৌহজঙ্গ নদীর কূলে ঈশা খাঁ ও মানসিংহের সঙ্গে একটি খন্ড যুদ্ধ হয়েছিল। ঈশাখাঁ যুদ্ধে মানসিংহের তলোয়ার ভেঙে ফেলেছিলেন এবং তাঁকে আরেকটি তলোয়ার উপহার প্রদান করে উদারতা প্রদর্শন করেছিলেন বলে মানসিংহ ঈশখাঁর সঙ্গে বশ্যতা স্বীকার করেন। ভূইয়াদের এখানে সেনা ঘাঁটি থাকার কারণে এখানকার নাম হয় ভূইয়াপুর। পরবর্তী সময় ভূইয়ারা এখান থেকে সরে যান। এ স্থান জঙ্গলে ভরে যায়। নামটিও বিকৃত হয়ে ভূইয়াপুর-এর স্থানে ভূয়াপুর হয়ে যায়।
এই উপজেলার ভৌগোলিক অবস্থান ২৪.৪৫৮৩° উত্তর ৮৯.৮৬৬৭° পূর্ব। ভূঞাপুর টাঙ্গাইল জেলার উত্তর পশ্চিমাংশে অবস্থিত। উত্তরে গোপালপুর উপজেলা ও জামালপুর জেলার সরিষাবাড়ি উপজেলা, দক্ষিণে কালিহাতি উপজেলা, পূর্বে গোপালপুর উপজেলা, ঘাটাইল উপজেলা ও কালিহাতী উপজেলা, পশ্চিমে যমুনা নদী ও সিরাজগঞ্জ সদর উপজেলা। ভূঞাপুর উপজেলা প্রায় ২৪০২৩' থেকে ২৪০৩৫' উত্তর অক্ষাংশ এবং ৮৯০৪৩' থেকে ৮৯০৫৪' পূর্ব দ্রাঘিমাংশের মধ্যে অবস্থিত। ভূঞাপুর উপজেলার আয়তন ১৩৪.৪৬ বর্গকিলোমিটার।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস